Rektor UINSI Samarinda
Prof. Dr. Zurqoni, M.Ag.
Wakil Rektor I Bidang Akademik dan Pengembangan Lembaga
Prof. Dr. Muhammad Nasir, M.Ag.
Wakil Rektor II Bidang Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan
Prof. Dr. Zamroni, M.Pd.
Wakil Rektor III Bidang Kemahasiswaan dan Kerja Sama
Dr. Muhammad Tahir, S.Ag., M.M.